С расправой над Лжедмитрием ясно все было москвичам, да и то не всем. Остальная Россия осталась в недоумении. На этом фоне появление слухов о спасшемся в Москве «царе Дмитрии» вызвало мощное брожение в народе и стало поводом для серьезных антиправительственных выступлений.
«В Перми явилась смута между войсками, набранными для царя; они начали побивать друг друга и разбежались со службы, - писал Платонов. - В Вятке открыто бранили Шуйского и сочувствовали Дмитрию, которого считали живым. Во многих местностях поднимались крестьяне и холопы. Смутами пользовались инородцы, обрадованные случаем сбросить с себя подчинение русским. Они действовали заодно с крестьянскими шайками. Мордва, соединясь с холопами и крестьянами, осадила Нижний Новгород. В далекой Астрахани поднялся на царя народ и казаки. В самой Москве было заметно брожение в народе, хотя не доходившее до возмущения, но очень беспокоившее Шуйского».
Первым настоящее восстание против Шуйского организовал князь Григорий Шаховской, которого современник-летописец назвал «всей крови заводчиком». Приближенный Лжедмитрия, сосланный за это на воеводство в Путивль, Шаховской объявил, что Дмитрий жив, чем сразу поднял против Шуйского весь город. К движению охотно потянулось провинциальное дворянство, а за ним в Смуту втягивалось и простонародье.
Ближайшим сподвижником князя Шаховского стал Иван Болотников, человек отважный и бывалый. Боярский холоп князя Телятевского, он попал в плен к татарам, несколько лет провел рабом на турецких галерах. Неизвестно, как он бежал, оказался в Венеции, а оттуда - в Польше. Там люди, готовившие уже спецоперацию со вторым Лжедмитрием, нашли его весьма перспективным для своего дела. Болотникова отправили в Путивль к Шаховскому, который сразу дал ему под командование целый отряд.
Болотников быстро нашел средство увеличить численность своего войска, призвав под знамена гулящих людей, беглых крестьян и холопов и обещав им именем царя Дмитрия прощение и свободу. В своих грамотах он возмущал низы не только против Шуйского и за Дмитрия, но и против высших классов. «Движение, поднятое дворянами, Болотников повел в глубь общества, откуда сам вышел, набирал свои дружины из бедных посадских людей, бездомных казаков, беглых крестьян и холопов - из слоев, лежавших на дне общественного склада, и натравлял их против воевод, господ и всех власть имущих», - писал Ключевский.
С десятитысячным войском из крестьян, посадских людей и казаков Болотников из Путивля двинулся на Москву. При первой же встрече с царскими войсками у Ельца и Кром мятежники одержали победу и заняли эти города. Ничто так не ведет к успеху, как успех. За Болотниковым пошли Тула, Венев, Кашира, Орел, Калуга, Вязьма, некоторые тверские города. С особенной силой и энергией движение развернулось в Рязани, где его возглавили дворяне Григорий Сунбулов и братья Ляпуновы – Прокопий и Захар, которые привели на сторону восставших рязанское ополчение. Сотник Истома Пашков из Венева возглавил тульское, каширское и веневское ополчения. Овладев Калугой, Каширой, Серпуховом, войска Болотникова разбили царские войска под Коломной и приближались к Москве.
Именно в это время впервые в события Смуты был широко и необратимо вовлечен Нижегородский уезд, как и все Поволжье, где в октябре 1606 года развернулось движение сторонников еще даже не пришедшего в Россию Лжедмитрия II.
Любомиров зафиксировал: «Как только при царе Василье началась социальная смута, она захватила в свой район и Нижегородский край. "Воровские листы" Болотникова достигли и приволжских мест. Получив известия, вероятно, еще преувеличенные, о размерах движения, давно таившие недовольство народы Поволжья сочли момент подходящим для того, чтобы сосчитаться с русскими, и восстали... С ними же соединились также имевшие полное основание быть недовольными своим положением и общественным устройством "боярские холопи и крестьяне"».
К восстанию примкнула и некоторая часть нижегородского дворянства. Записки арзамасца Болтина сохранили указание, что «за воеводы место» у восставших был Иван Борисович Доможиров, вероятно, прямо с государевой службы - он был стрелецким головою в Царевококшайске. Грамота царя Василия в Свияжск называла в числе лидеров бунтовщиков и брата Доможирова - Матюшку. В грамоте в Муром крупным деятелем восстания в Нижегородском уезде выступает нижегородский «четвертчик из выбора» князь Иван Дмитриевич Болховской. В той же грамоте упоминался как «государев изменник» и еще один нижегородец - Баженко Есин из детей боярских. «Нижегородское дворянство, не чувствовавшее, как мы видели, невыгодной конкуренции льготного боярского землевладения, было увлечено к восстанию, вероятно, не опасением боярской политики боярского царя, как это могло иметь место на юге России, но именем спасшегося будто бы царя Дмитрия, который в свое короткое царствование успел поверстать и наделить денежным жалованьем между прочим и нижегородцев», - считал Любомиров.
Среди оппонентов Василия Шуйского было немало и откровенных авантюристов. «Например, осенью 1606 г. в Курмыше именем «царя Дмитрия» утвердился Андрей Казаков, арзамасский помещик из новокрещен — недавно обращенный в православие татарский мурза Шейсупов, получивший в поместье село Казаково. Он стал приводить к клятве «царю Дмитрию» нерусское население вокруг Курмыша, грабил купцов, не пропускал к Москве гонцов», - свидетельствуют нижегородские историки.
Восстание в Поволжье охватило обширный регион. На Нижний Новгород мятежники первоначально идти не решались: отпугивали и каменный кремль, и его сильный гарнизон. Поэтому сперва захватили Алатырь, где утопили воеводу Сабурова, и Арзамас. К середине октября обширная территория к югу от Нижегородского уезда контролировалась повстанцами, признавшими «воеводу царя Дмитрия» Ивана Исаевича Болотникова и координировавшими действия с его штаб-квартирой в Путивле. В Муроме тоже временно торжествовали «изменники», целовавшие крест «царю Дмитрию». В конце октября - начале ноября осмелевшие бунтовщики во главе с Доможировым начали осаду Нижнего Новгорода, сохранившего лояльность царю Василию. А еще весной 1606 года многие отряды нижегородских и арзамасских дворян во главе с боярином Ф.И. Шереметевым были отправлены Лжедмитрием I в Астрахань на службу и для замены тамошнего воеводы Ивана Дмитриевича Хворостинина.
«Собралась мордва и… боярские холопы, и крестьяне, и, придя под Нижний Новгород, осадили. А Нижний Новгород стоял за царя Василия Шуйского от воров… был в осаде, а осаждали Нижний русские люди и мордва, а с ними был за воеводу Иван Борисов сын Доможиров, нижегородец, да с ним заодно два выбранных мордвина Варгадин да Москов». Доможиров в 1601-1603 годах был воеводой в Касимове, при Лжедмитрии I - в Арзамасе.
Нижний был обложен со всех сторон. «Для одних этот город был местом, где находили защиту и помощь поселившиеся в крае русские и куда собирали с них оброки за охоту и бортничество в их же собственных лесах, - писал Любомиров. - Для других он был опорой и вместе олицетворением порядка, лишавшего их не только собственности, но и свободы. И тех и других могли привлекать и богатства города. И, вероятно, лишь немногие из осаждавших стремились завоевать Нижний для царя Дмитрия».
Кремлевские стены позволяли долго выдерживать осаду, тем более что вели ее в основном плохо вооруженные и необученные военному делу бунтовщики. Впрочем, осада не затянулась. Прежде всего, из-за неудач болотниковского войска, которое стояло уже под стенами Москвы в селе Коломенском. В лагере повстанцев пошло брожение.
Насмотревшись на эксцессы русского бунта, выливавшегося в массовый грабеж и убийство имущих, Болотникова стали покидать служилые люди. Рязанские и тульские дворяне переметнулись на сторону Шуйского, который все-таки воспринимался как воплощение государственного порядка. Первыми с повинной в Кремль явились Сунбулов и Прокопий Ляпунов, за ними потянулись и другие дворяне со своими отрядами. Лишившись профессиональных военных, ополчение стало уязвимой мишенью для правительственных войск.
К Шуйскому меж тем подходило подкрепление. Ярко проявил себя племянник царя Василия — князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский — молодой и талантливый полководец. Он сумел настроить против мятежников москвичей, в том числе посадских людей. На всеобщее обозрение в столице был даже выставлен труп Лжедмитрия I, чтобы изобличить миф о его счастливом спасении.
Потерпев поражение в сражении под Москвой 2 декабря, Болотников отступил к Калуге, а затем к Туле. Это решило исход восстания и в других регионах страны. 11 декабря в Муром прибыли с отрядом верные Шуйскому дворяне и дети боярские, прочли царскую грамоту, и город целовал крест царю Василию. Изменников «переимали миром и в тюрьму посажали». Отослали в Москву и обнаруженного нижегородца Есина. Свияжск, наказанный за измену Шуйскому запрещением богослужений, в декабре добровольно бил ему челом.
В конце декабря - начале января царские воеводы Григорий Григорьевич Пушкин и Сергей Ододуров «поворотили царю Василью» Алатырь и Арзамас, откуда двинулись на Нижний Новгород. Осаждавшие город бунтовщики поспешили разбежаться. После этого нижегородские дворяне отправились вместе с Пушкиным и принимали участие в битвах с мятежниками при Серебряных Прудах и на реке Восме. Очевидно, именно за эти заслуги нижегородцы и были вознаграждены выдачей им вновь в 1607 году государева жалованья - кому в полном, кому в половинном размере.
Шуйский не мстил основным нижегородским изменникам. Князья Болховской и Доможиров перешли на службу царю Василию, получили полное жалование и земельные пожалования, а Баженка Есин - половину оклада, 3 рубля с полтиною. Возможно, подобным великодушием царь Василий собирался нейтрализовать недоброжелателей и создать в нижегородском дворянстве опору на будущее.
Восстание Болотникова было подавлено. Самого его сослали в Каргополь и там убили.
«Болотников погиб, но его попытка всюду нашла отклик: везде крестьяне, холопы, поволжские инородцы - все беглое и обездоленное поднималось за самозванца… Настоящим царем этого люда был вор тушинский, олицетворение всякого непорядка и беззакония в глазах благонамеренных граждан».
Появился Лжедмитрий II.